Suomalaisen varuskunnan aika

Suomen itsenäistymisestä huolimatta Viapori oli edelleen venäläisten hallussa keväällä 1918 Suomen sisällissodan aikana, kunnes maaliskuun puolivälissä osa linnoituksesta luovutettiin sisällissodan punaiselle osapuolelle. Valkoiset pääsivät kuitenkin pian sodassa niskan päälle ja saivat saksalaisia apujoukkoja, jotka nousivat maihin Hangossa huhtikuun alussa.

Viaporin venäläinen sotaväki pysyi puolueettomana sisällissodassa ja poistui vähitellen linnoituksesta. Valkoiset perustivat Viaporiin sotavankileirin punaisille vangeille, joita oli enimmillään linnoituksessa kuusi tuhatta. Vankileirin aikana punaisia teloitettiin ja osa heistä kuoli tauteihin linnoituksen huonoissa oloissa. Viimeiset vangit poistuivat maaliskuussa 1919.

Toukokuussa 1918 linnoituksen nimi muutettiin itsenäisen Suomen mukaisesti Suomenlinnaksi, ja linnoitus liitettiin Suomen valtioon. Linnoitukseen sijoitettiin pian puolustusvoimien eri yksiköitä, joille ei löytynyt muualta tilaa. Hiljalleen käynnistyivät myös pienimuotoiset kunnostustyöt ja saariin suuntautuva matkailu saatiin käyntiin.

Talvisodan sytyttyä vuonna 1939 Suomenlinnassa oli muun muassa ilmantorjunta- ja tykistöjoukkoja. Linnoitus toimi myös sukellusvenelaivaston tukikohtana. Jatkosodan aikana Suomenlinnassa oli myös saksalaista sotaväkeä.

Jatkosodan jälkeen Suomenlinnassa jatkoi toimintaansa vain muutama armeijan joukko-osasto. Kuitenkin vasta 1960-luvun puolivälissä puolustusvoimat ilmoitti lopullisesti luopuvansa linnoituksesta. Kun Suomenlinnan Rannikkotykistörykmentti vuonna 1972 muutti pois, Suomenlinna siirtyi siviilihallintoon. Puolustusvoimien yksiköistä ainoastaan Merisotakoulu jäi Suomenlinnaan ja toimii vanhalla paikallaan edelleen.